「天使之卵」架構在一個充滿陰影和灰暗色彩的超現實主義世界中,劇情的主角是兩個沒有提及名字的少年與少女。 少女隨身帶著一顆神秘的蛋,她花許多的時間在某個歌德式的死城裡蒐集各式瓶子與手工藝品。身上背著一把十字型武器的少年在某天也隨著一種神祕的機械來到這個城鎮。