淘氣小女孩雨果與父親賭氣後離開家,再次回到神秘世界尋找老朋友「啦啦」和「熊大叔」。在雨果和熊大叔、啦啦為重逢而喜悅之時,一個巨大的危機也悄然襲來,所有喝過水的生命都變小了。原來是地下宮殿的鼠族首領番薯,偶然發現了遠古的預言,它在危機爆發前吩咐鼠民囤聚了活水,它企圖藉助這個危機將其它生命變為鼠族的奴役。 在番薯的兒子米粒的幫助下,雨果、啦啦、熊大叔得知找到水的源頭可以解除危機,三個好朋友踏上了拯救家園的艱難旅途,一路之上,他們與鼠族軍隊鬥智鬥勇,並與米粒和大臉怪成為了朋友。危機時刻,米粒讓番薯覺醒,他最終放下內心的仇恨,決定與神秘世界的族民共同守護美麗的家園……