BEE TRAIN的創辦人——真下耕一與崛川憲司，過去皆曾任職於動畫製作公司龍之子並結識，隨後真下耕一於1984年自龍之子製作退社。1997年，兩人在Production I.G的出資下於東京都國分寺市南町創立BEE TRAIN，1998年於東京都國分寺設立製作分室。2001年將本社搬遷至東京都西國分寺，並於同年4月推出首部獨立原創動畫《NOIR》。 BEE TRAIN原為Production I.G旗下的子公司，於2006年自其手中取得股份後獨立，並在東京都武藏野市設立吉祥寺工作室，負責該公司大多數的動畫製作流程，2009年將各部門分割為其轄下之子公司，在東京都國分寺市成立子公司C-Station，之後又設立子公司D-Station。2012年從C-Station撤資，C-Station自此開始自主獨立。 2011年以後，BEE TRAIN未再擔任主要動畫製作至今，改為負責來自各家動畫製作會社委託的製作協力。
