1992年，動畫製片人村濱章司、動畫導演前田真宏和樋口真嗣等人組建GONZO，其中村濱章司出資300萬日元。當年他們接手的第一份工作是為MTV《ROCKET DIVE》製作一隻3D的宇宙船。其後工作均以美術為主。 1996年，GONZO為SEGA的角色扮演遊戲《LUNAR》製作過場動畫，公司名號因此為人知曉。 1998年，名作《青之6號》登場，為該公司第一部獨立製作。該動畫是在日本動畫史上第一次大量使用3DCG技術與2D繪畫結合的作品。GONZO自此一舉成名，成為創作派動畫的龍頭。 2000年，GONZO推出第一套電視動畫作品《銀河冒險戰記》。 2002年4月，GONZO與Digimation合併成立GONZO DIGIMATION。主要業務內容是動畫作品製作，版權管理及銷售管理，3DCG的企劃製作，周邊產品推廣等，公司固定資產突破2億。這亦促使母公司GDH於2004年成為上市公司。 2005年9月，收購Warp Gate Online，首次涉足網路遊戲市場。 2006年，GDH無法達致預定盈利，收入大幅減少，製作亦被指不符合新一代動畫迷的口味。負責人村濱章司因管理不善被迫下台，由社長降為取締役，接任人為藤田純二。同年GONZO曾打算將電影《銀髮阿基德》打入中國市場，後因未獲中國國內影視審批機構批註而放棄。 藤田社長上任後，於2006年至2008年製作更多的商業動畫作品。此外，GONZO亦嘗試開通中、歐美市場，讓作品邁向國際化，惟市場調查不夠透徹導致成效不足，財務狀況依然惡劣、多項企劃終止，尤其在2006年的15週年紀念作品《殼中少女》OVA也夭折。 2008年3月，GDH的年度結算中負債資產超過東證的規定，4月1日GDH的股票進入「猶豫期」；9月10日，投資公司「岩風資產管理」宣布對GDH進行股份公開收購，總增資金額日幣21億3000萬元。 2009年4月1日，創辦人村濱章司離去、另設公司Lambda Film；GDH宣佈與子公司GONZO合併，企業商號統合、承繼品牌為「GONZO」。但公司重整未見起色，終被東證公告於7月30日除牌。 2010年8月，由於之前經營不善、人員紛紛出走，GONZO開始重新招募製作團隊。 2011年2月，GONZO公佈20週年紀念作品《最後流亡-銀翼的飛夢-》。 2016年7月，旭通DK宣布收購GONZO；12月27日，旭通DK發布公告表示，GONZO在被收購前可能透過不正當的會計處理隱瞞10億2千5百萬日圓的資不抵債，旭通已成立特別調查委員會清查其財務狀況。 2017年2月20日，旭通DK調查隱瞞債務結果給予社長三年間減俸月薪30%、副社長去職處分。
