1961年，手塚治虫成立了「手塚治虫製作動畫部」以製作影片及動畫[1]；翌年，手塚治虫製作動畫部正式註冊成立「蟲製作」，並由手塚治虫擔任社長[1]。1966年，蟲製作的版權部、出版部及營業部獨立為子公司「蟲製作商事」。 1968年，手塚治虫為方便漫畫製作及版權管理而成立了手塚製作[1]。1970年，手塚製作從東京都新宿區高田馬場轉移至練馬區富士見台，並承租了一大廈的二、三樓作辦公室；其中二樓是用作員工辦公、生產及漫畫著作權管理等事務，三樓則是手塚自己的工作區[2]。 起初，手塚治虫會將其作品分包至蟲製作，並交由他們進行動畫化；但能動畫化的作品不多。其後，在1960年代後期，手塚治虫原作以外的作品亦開始動畫化。直至1971年，手塚治虫作品的動畫變得幾乎沒有，而手塚治虫亦在此時退任蟲製作社長。另外，手塚製作內部的動畫部門亦開始進行動畫製作；其後更完成動畫《神化嬌嬌女》的製作，此動畫於1971年至1972年播放[3]。 在1973年蟲製作申請破產後，手塚製作開始全天候進行動畫製作，並在作為動畫工作室下開始迅速增長[3]。1976年，手塚製作搬回高田馬場[2]。 自1974年開始，手塚治虫已經不滿蟲製作所生產的第一套阿童木電影，並希望重製該系列[4]。從1980年到1981年，手塚製作重製了《原子小金剛》，並於日本電視台播放52集。 2007年，手塚製作開始了一個為期多年的項目－－將手塚治虫所有的出版漫畫系列進行數位化及彩色化，總頁數超過150,000頁[5]。手塚治虫的前私人助理會重新製作在手塚仍繪畫漫畫系列時所使的色卡，以確保新的著色過程是忠於手塚當時所使用的顏色[5]。 2008年，手塚治虫的兒子手塚真表示他將會在手塚製作完成父親的遺作《森林傳說》[6]。該片於2014年完成，同年8月於廣島國際動畫影展上舉行首映，而位於紐約的日本文化協會則於2015年2月21日舉行北美的首映[7]。
