阿爾馮斯·艾爾利克和他的哥哥愛德華因為太過思念幼年時死去的母親，觸犯了鍊金術的最大禁忌，那就是能讓死去的人復活的人體煉成。與哥哥進行人體煉成時，整個身體都被奪去。而哥哥將他的靈魂固定在了盔甲內，代價是失去哥哥的右臂。 由於靈魂依靠鎧甲上血印(阿爾的血印在鎧甲後頸內側)而與鎧甲連通，一旦血印被完全破壞，靈魂即會消失，因此阿爾不能游泳。阿爾雖然也打開過真理之門，但是因為失憶，所以在故事開始時無法進行不畫陣煉成。因為馬黛爾的死而令他的畫陣被血濺到，導致在真理之門內的記憶恢復，此後可以和哥哥一樣不畫陣便進行煉成，另外他的肉體雖在真理之門內，由於當初在煉成母親的時候用自己血液與哥哥血液混合導致靈魂連繫的情形，肉體的營養和睡眠全從愛德華的飲食和睡眠中補充。 為了恢復原來的身體，兄弟兩人開始了尋找「賢者之石」的旅程……