主人公碇シンジの母にして、碇ゲンドウの妻。物語の秘密部分の鍵を握るキーパーソンである。容姿は綾波レイに酷似している。<br /> 京都大学にて生物工学を専攻する。このとき京都大学の形而上生物学助教授（当時）である冬月コウゾウと出会い、またユイの背後にあるゼーレ（ゲーム新世紀エヴァンゲリオン2ではユイはゼーレの有力者の血族、とする）との接触を図って接近してきた六分儀ゲンドウと交際を始める。セカンドインパクト後には人工進化研究所に所属し、エヴァの開発に当たった。開発中に自らが被験者となるシンクロ実験で初号機と同化。同じくエヴァの開発に携わっていた夫ゲンドウや赤木ナオコの手によってサルベージが試みられるがこれが成功せず、帰らぬ人となる。<br /> しかし実際は、彼女の魂は初号機の中で消えることなく生き続けており、これによって一人息子・シンジは初号機とシンクロし、これを操ることができる。<br /> 夫ゲンドウとの年齢差は10歳であるが、漫画『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』では同い年であり（48歳）、中学での同級生という設定である。<br /> ユイの名前の由来はレイとの音韻及び「唯」との掛詞。