在孤兒院長大的男高中生「上終瓜生」,以考上京都大學醫學系並成為醫生為目標奮鬥著。 有一天,他被通知自己到了需要離開孤兒院去別家借住的年紀,因而寄住到了遠方親戚家的「甘神神社」。本來只是想要一個能唸書的環境,沒想到借住的條件竟然是「入贅繼承神社」!而結婚的候補對象就是神社的巫女三姊妹! 早熟的「甘神朝姬」、態度尖銳的「甘神夕奈」、冒失單純的「甘神夜重」。與個性迥異的三姊妹相處,讓瓜生的生活變得波瀾萬丈。等待他們的究竟是新的化學反應?還是神明的奇蹟?